Das Thousand Kyoto verfügt über ein Spa, das eine Flucht aus dem Chaos des Alltags bietet. Es bietet eine beruhigende Atmosphäre, die von sanfter Musik untermalt wird und ein angenehmes Erlebnis für die Sinne darstellt. Das Spa basiert auf dem Thema Meditation, das es den Gästen ermöglicht, den Alltag zu vergessen und sich einem reichen und ruhigen Moment hinzugeben. Das Spa bezieht auch die einzigartige Kultur und die Traditionen Kyotos in seine Behandlungen und Menüs ein und bietet Spa-Behandlungen an, die mit lokalen Materialien, Traditionen und der Kultur gefüllt sind.
Das Spa bietet heiße Bäder, Steinbäder und Trockensaunen für Männer sowie eine Vielzahl von Spa-Behandlungen rund um Tee, Holzkohle und Weihrauch. Das Spa folgt der Philosophie von Roku-ne Sei, einem traditionellen japanischen Konzept, das darauf abzielt, die sechs Wurzeln von Geist, Körper und Seele zu reinigen. Die Gäste können sich mit Holzkohlebehandlungen verwöhnen lassen, bei denen verschiedene Arten von Holzkohle zum Einsatz kommen, darunter Holzkohle aus den Bergdörfern Kyotos und hochgehärtete Kishu-Holzkohlestäbchen. Spa-Behandlungen mit Uji-Tee, einem Tee mit einer 800-jährigen Geschichte, und anderen Teeprodukten werden ebenfalls angeboten, um die Schönheit und Gesundheit des Körpers von innen und außen zu unterstützen. Das Spa bietet die Kyo no Omotenashi-Behandlung, eine Kombination aus Körper- und Gesichtsbehandlung, sowie die Black Charcoal Warm Stone and Oil Body-Behandlung, bei der heiße Holzkohlesteine für eine entspannende Massage verwendet werden. Die Behandlung JYOU Charcoal-rich ist eine Kombination aus einem Fußpeeling mit Azukibohnen und Maulbeerblättern, einer Körperölmassage mit warmen Steinen aus schwarzer Holzkohle und einer Gesichtsbehandlung mit Kirschblüten und Holzkohle. Das Zen-Total-Programm enthält viele Zutaten aus Kyoto, darunter ein Körperpeeling mit schwarzem Reis und eine Kopfmassage mit einer Kräuterkugel, die mit grünem Tee gemischt ist.
Gäste haben während der Spa-Behandlungen freien Zugang zu den heißen Bädern, Felsenbädern und anderen bereichernden Aktivitäten des Spas. Das Spa bietet einen friedlichen und ruhigen Zufluchtsort, an dem sich die Gäste darauf konzentrieren können, ihren Körper und Geist zu reinigen und ihr Gleichgewicht wiederherzustellen.